Ærøskøbing Kirke er opført i 1756-1758 og afløste en faldefærdig middelalderkirke. Fra denne er bevaret døbefont fra 1200-tallet og prædikestol fra 1634. Prædikestolen er skænket af Hertug Philip af Glücksborg, der samme år købte hovedgården Graassten (Ærø). Året før havde han arvet Ærøskøbing købstad med hovedgården Voderup. Indtil 1750 tilhørte disse besiddelser fortsat de glücksborgske hertuger, men fra da af og indtil 1864 hørte hele Ærø under hertugdømmet Slesvig.

Alterbilledet er en kopi af Eckersbergs billede i Frue Kirke i Svendborg. Kirkens farvesætning (også blomstermotiverne) er udført af kirkemaler Einar V. Jensen i forbindelse med en omfattende restaurering i 1950.

Orgel, 16 stemmer, Marcussen & Søn, 1881.