De ærøske kirker har kirkeligt altid hørt til Fyens Stift, bortset fra tiden 1819-1864, hvor Als-Ærø udgjorde et selvstændigt bispedømme, men stadig med dansk kirkeret, hvilende på Chr. 5.s Danske Lov.

I verdslig henseende derimod hørte Ærø til hertugdømmet Slesvig indtil 1864. Tidlilgere havde forskellige dele af øen hørt under forskellige hertuger (f.eks. Hertugen af Glücksborg), men fra 1750 hørte hele Ærø til hertugdømmet Slesvig, hvor hertugen var den danske konge.

Alle Ærøs kirker (undtagen Ommel) er åbne hele året kl. 8.00-16.00, bortset fra, når der finder kirkelige handlinger sted.